Η μονή παλιότερα λεγόταν Μονή Φτέρης. Το Καθολικό χτίστηκε το 1746 πάνω στο παλιό που είχε πέσει και τιμάται στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου.
Η Μονή Φιλοθέου ιδρύθηκε τον 10ο αιώνα από τον Όσιο Φιλόθεο. Η μονή παλιότερα λεγόταν Μονή Φτέρης. Το Καθολικό χτίστηκε το 1746 πάνω στο παλιό που είχε πέσει και τιμάται στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου.
Η τοιχογράφηση του αποπερατώθηκε το 1752 και του εξωνάρθηκα το 1765. Σε αυτήν την μονή υπάρχει η θαυματουργή εικόνα της ΠΑΝΑΓΙΑΣ ΤΗΣ ΓΛΥΚΟΦΙΛΟΥΣΑΣ, που την ζωγράφισε ο Ευαγγελιστής Λουκάς και η εικόνα της ΠΑΝΑΓΙΑΣ ΤΗΣ ΓΕΡΟΝΤΙΣΣΑΣ.
Μέσα στην μονή υπάρχουν 6 παρεκκλήσια και έχει ως εξαρτήματα 12 κελλιά. Στην βιβλιοθήκη της Μονής υπάρχουν 250 χειρόγραφοι κώδικες (οι 54 είναι περγαμηνοί), 2 περγαμηνά ειλητάρια που περιέχουν τη Θεία Λειτουργία του Μεγάλου Βασιλείου κ.α. εδώ μόνασε το 1728- 1760 ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός.
Η Μονή Φιλοθέου κατέχει από το έτος 1574 τη δωδέκατη θέση στην ιεραρχία των ιερών μονών.
Λειτουργεί κοινοβιακά από το 1973, με Σιγίλιο του Οικουμενικού ΠατριάρχηΔημητρίου. Σήμερα στην Ιερά Μονή Φιλοθέου εγκαταβιώνουν πενήντα πέντε περίπου μοναχοί, ενώ άλλοι δέκα, στα εξαρτήματα της μονής τα οποία είναι κελια και Καθίσματα.
